VfL Wolfsburg

Ngày 14 tháng 7 năm 2010, Mandžukić chuyển đến VfL Wolfsburg với giá 7 triệu euro.[1] Trong 2 mùa giải thi đấu cho Wolfsburg, anh ghi 20 bàn trong 56 trận tại Bundesliga. Mario được Goal.com đánh giá là một trong những cầu thủ chơi đầu nguy hiểm nhất không chỉ tại Bundesliga mà cả châu Âu khi 2/3 bàn thắng được thực hiện bằng đầu. Euro 2012 được tổ chức tại Ba Lan và Ukraine trong 3 trận vòng bảng Euro thi đấu cho đội tuyển Croatia, Mario đã ghi cả ba bàn bằng đầu nhưng tiếc anh không thể giúp đội tuyển của mình tiến sâu hơn.

Bayern Munich

Ngày 26 tháng 7 năm 2012, Mandžukić chuyển đến đầu quân cho Bayern Munich sau màn trình diễn ấn tượng trên đất Ukraina và Ba Lan. Đến ngày 27 anh mới chính thức là người của Bayern Munich vì VfL Wolfsburg làm giá. Tuy nhiên giá chuyển nhượng không được tiết lộ. Và ngay trận đấu đầu tiên giao hữu với Bắc Kinh Quốc An anh đã ghi 1 bàn trong chiến thắng 5–0 của Hùm Xám.Đặc biệt trận đấu tranh siêu cúp Đức với khắc tinh và cũng là đối thủ lớn nhất Borussia Dortmund, Ngay phút thứ 6 Mario đã ghi bàn giúp Bayern phục hận với tỉ số 3-2.

Atletico Madrid

Năm 2014 cầu thủ này gia nhập Atletico Madrid theo bản hợp đồng có thời lượng 5 năm từ F.C Bayern München